Después de la captura de Jinchuriki de Cuatro colas, Itachi y Kisame son convocados por su líder y dicho sobre la muerte de Orochimaru. Ellos entonces son advertidos sobre los movimientos de Sasuke y que él puede venir después Itachi. Más tarde, después los Jinchurikis de Tres y Cuatro colas son sellados, Deidara y Tobi dispuesto apuntando Naruto, Kakashi, o Sasuke. Mientras tanto, Hebi junta provisiones en un depósito abandonado Uchiha y Kakashi monta el Equipo Kurenai, conducido solo, salir con el Equipo Kakashi, conducido por Yamato, capturar Itachi.
Obito encuentra Rin, pero es atacado por una Piedra Ninja. Kakashi llega y pierde su ojo izquierdo que trata de salvar Obito. Para ayudar a Kakashi, Obito es capaz de despertar su Sharingan. Ellos ambos entonces rescatan Rin, pero la cueva en la que ellos están en derrumbamientos sobre ellos, el lado derecho de Obito aplastante. Obito decide donar a su ojo de Sharingan izquierdo a Kakashi y lo pide proteger Rin. Kakashi entonces protege Rin de ninja enemigo antes de perder la conciencia. Ellos más tarde son salvados por Minato que les ayuda a completar su misión y destruir el Puente de Kannabi.
Hace más de diez años, durante la Tercera Gran Guerra Ninja, futuro Cuarto Hokage, Minato Namikaze, asigna Kakashi Hatake, Obito Uchiha, y Rin, ninja médico, sobre una misión de destruir el Puente de Kannabi. Como ellos se marchan, Kakashi revela su nuevo Jutsu: Chidori, cuales apuntes de Minato son incompletos. Esa noche, Minato dice a Obito que sobre como el padre de Kakashi se suicidó. Al día siguiente, Minato se marcha y Rin más tarde es secuestrado. Kakashi rechaza salvarla, pero Obito no hace caso de él y se marcha solo.
